Para muchos la mejor generación de la historia, gracias a su calidad de construcción cimentada en la plataforma PQ34 que le otorgaba un excelente manejo para la época. El sedán se ve complementado con las versiones Station Wagon. Esta generación ve la llegada algunas motorizaciones interesantes como el cinco cilindros VR5. La motorización base es el 2.0 L con 115 CV. Las versiones más equipadas montan el 2.8 L con 174 CV y un 1.8 L Turbo con 150 caballos. A la postre el VR6 aumenta su potencia hasta los 200 CV y el motor turbo llega hasta los 180 CV. En 2004 aparece la versión GLI 50 aniversario, mientras que, en 2006, se estrena el Jetta TDI impulsado por un 1.9 L diésel con 105 caballos.
